黒アリ塚研究所は通常であればゲーム内で4番目に訪れる研究所で
ゴミの山エリアの目立たない場所にある黒アリ塚の中に存在するランドマークです。
その立地上、探索の大半を黒アリ塚内で行う事になる為、
主に兵隊黒アリへの対処が主に行うべき対策となります。
また、研究所への侵入とボスフロアへの侵入に[武器:ブラトバースト|爆薬]]が必要となりますので、
事前に準備しておきましょう。
既に除草剤エリアの研究所をクリア済みであれば、スーパーチップのある部屋に3つ置かれています。
大まかな攻略の流れとしては、
セクターAのロック解除→セクターBのロック解除→ボス「アシスタントマネージャー」の撃破→スーパーチップの回収となります。

• 地図

※地中に存在するランドマークの為、地図上のアイコンの位置は参考にしかなりません。

ゴミの山ルートは草原下層エリアの地上から黒アリ塚の下り口（下）を経由して到る通常到達するであろうと思われるルートです。
以降の研究所内の経路も便宜上、こちらのルート基準で行います。

黒アリ塚の下り口（下）から黒アリ塚に侵入した場合、
入って最初の部屋がこの部屋になります。
※夜間の場合、光は射し込みません。

そのまま正面に進むと次の広い部屋に出ます。

粘菌の子実体が生えている辺りまで進み後ろに振り返るると、
下り坂の奥にトンネルの入り口が見えるので、そこに進みます。

トンネルに入り少し進むと天井を這うケーブルと照明に照らされた分岐に出ます。

最終的にはどちらの方向にも進む事になりますが、
まずは左側に進んでください。

右側に進んだ場合、扉に「B」と書かれた研究所のセクターに到達しますが、
このセクターに入る為のロック解除装置はこの扉の反対側にあるので、
この時点では先に進む事はできません。

左側に進んだ場合も同様に扉に「B」と書かれた研究所のセクターに到達しますが、
こちらのルートに来た場合、大体↓の画像位の位置でランドマーク発見の表示が出て、クエスト「黒アリ塚の研究所」が更新されます。
正面の扉はまだ入れませんが、右側に通路があるのでそこを進んでください。
右側の通路を進み続けると、黒アリ塚の下り口（上）からサンドボックスエリアに移動する事ができ、
後述の経路2サンドボックスルートから入って来た場合の起点位置となります。

サンドボックスルートは立てかけられたスコップからピクニックテーブルのクーラーボックスを経由して、
クモ糸のロープ12個を使用してサンドボックスエリアへのジップラインを設置し、
サンドボックスエリアにある黒アリ塚の下り口（上）から侵入する裏口的なルートです。

右側の通路を進むと右側に「A」と書かれた扉が見えて来るので、
ここから左側にある建物方向を振り向くと、 ↓のように砕けた石が見えるので、この石を爆破して中に侵入します。

中に入ってすぐ左側に「生体認証機」があるので、使用して更に中に入ります。

生体認証機の隣の部屋に入ると、正面に「A」の文字が表示された端末があるので、
これを使用するとセクターAのロックが解除されます。
この端末のすぐ右側の床に穴が開いており、
ここから落ちると次のドアへのショートカットになります。
また、この穴のすぐ近くに「データアイテム：包囲されている」が置かれているので回収しておいてください。

生体認証機の反対側の通路はアイテム回収ルートとなっています。
通路を進んだ最初の部屋にはグランブルのグラノーラバーが3個と「データアイテム：MIX.R 試験概要」があります。
2つ目の部屋は「セクターB」の扉と、植物繊維の包帯が3個、
「ラボの作業台」「分析装置」「資源探査機」が設置されています。
更に先に進んだ3つ目の部屋には、「データアイテム：さらなる警戒」と、
中央の六角形のテーブルの上に「ボスレシピ：毒入りビリーホッグサンドのレシピ」が置かれています。

更に奥に進むと開閉スイッチがあり、これを押して開けた扉の先にはRS粒子と保管コンテナが一つあります。
一本道で迷う事も無い上、距離的にも短く、多数の回復アイテムを回収できる寄り道となりますので、
初回攻略時でもアイテムの回収をオススメします。

端末の部屋の穴から落ちると正面左側に「A」のドアが見えるので、
この中に進みます。
ドアが開かない場合、端末の操作を忘れているので、
先に爆破した場所から端末の部屋に戻ってロックを解除してください。

Aのドアの先に進むと短い通路の先にRS粒子と光る床の穴が見えます。

光る床の穴が進行ルートとなりますので、この中に飛び込んでください。
深さは無いので、落下対策は不要です。

穴の中に飛び降りると、開いているハッチが見えるので、次はここに飛び込みます。
ハッチの所まで進めない時はしゃがむと到達し易いです。

ハッチから飛び降りた先は部屋になっており、
「オミナント社の実験用ベッド」と「ウォータークーラー」が設置されていますので、
必要に応じて使用してください。
また、ベッドの上に「データアイテム：差し迫った崩壊」が置かれている他、
保管コンテナが1つと、壁際の棚に大量のアイテムが置かれています。

ベッドの部屋から出て先に進むと「B」の文字が表示された端末があります。
この端末を操作するとセクターBのロックが解除されます。
またこの部屋の中に「データアイテム：セキュリティ報告」と保管コンテナが1つあります。

Bの部屋を出た先は、黒アリ塚に入ってケーブルと照明のある天井の分岐を右に進んだ部屋になるので、
正面に進んで分岐を右折し、セクターA方面に向かってください。

既にセクターBのロックは解除されているので、今度は正面の「B」の扉の先に進みます。
先に進むとまた開けた空間に出るので、左の壁沿いに進んでください。

壁沿いに進むと開閉装置があり、
これを操作すると左側にある施設（観察室）のシャッターが開きます。

シャッターが開いた後、ガラスにヒビが入っているので、これを爆破してください。
ガラスの破壊と共に警報が鳴り響き、観測室の奥にある端末が操作可能になります。

部屋に入り、奥の端末を操作して「管理班を派遣」すると、

ボス「アシスタントマネージャー」との戦闘が開始されます。
※生き物カードに登録可能なので、覗き見を忘れないでください。
覗き見をし忘れると周回するまで再出現しません。

アシスタントマネージャーとの戦闘はこれまでで最もボス戦らしいボス戦となります。
弱点は「打撃、塩気、酸味」となっていますが、この時点ではハンマーによる打撃属性以外は現実的では無いので、
最も使い慣れている武器を使用する事をオススメします。 定期的に配下の「TAYZ-T」と「ARC-R」が出現する他、

左腕にエネルギーを貯めてから地面を叩き付けると、部屋の中にある5本の柱から
触れるとダメージを受けるレーザーが発射されます。
このレーザーは旋回しながら部屋全体を攻撃しますが、
旋回に合わせて移動したり、レーザーが発射されていない柱の陰に隠れる事で回避可能です。
どうしても勝てない場合は、一度引き返してサンドボックスエリアに進み、
アリジゴクを倒してアリジゴク防具一式を作って、大量のスムージーを持ち込むと楽に倒せます。

アシスタントマネージャーを撃破すると、残骸から「アシスタントマネージャーのカードキー」が入手できます。

同じ部屋の中にカードキーで開けられるドアがあるので、これを使用して先に進みます。

※NEW GAME+1以降、この扉を抜けて最初の部屋の机の上に
「ボスレシピ：変異型ビリーホッグサンドのレシピ」があります。

部屋を抜けるとボスフロアの上の吹き抜けの通路に出ます。

右に進んだ先のカードキーの扉を開けると、その先にスーパーチップがあります。
また同じ部屋の中の机の上に「データアイテム：ラボロックダウン」が置かれています。

スーパーチップの部屋の奥に進むと長い通路の後に開閉スイッチがあり、

ここを抜けると除草剤エリア側にある裏口から外に出る事ができます。

右に進まずに直進した部屋には「データアイテム：MIX.Rの移動プログラム」と、
全てのMIX-Rをクリアした後にのみ中に入れる特殊なドアがあります。

ドアの先の部屋には「タフガイ・ガースの置物」と、
特殊なランク3武器「プロッドスマッカー」が置かれています。

ミューテーション「悪ガキ」の条件となっている置物は、
MIX-Rのドアの先の部屋の中に 「タフガイ・ガースの置物」があります。