異変ステージでは、特定の魔女の星レベルの育成に必要となる「魔導器」を入手する事ができます。
一般ステージ「02-02」をクリアする事で解放され、以降、末尾が偶数のステージ（-02、-04、-06、-08、-10）をクリアする度に、新しい異変ステージが解放されます。

異変ステージには以下の特徴があります。

• 1章には存在せず、2章以降にのみ存在します。
• 出現する敵のLvと獲得報酬が変化していますが、基本的には「一般ステージの奇数ステージ」と同一のステージ構成となります。
• ステージクリア時に、章に応じた一定の「行動力」を消費します。
  2～3章は「12」、4章以降は「16」の消費で固定となっています。
• 作戦失敗などの理由で「撤退」、もしくは「再挑戦（やり直し）」を行った際は、行動力を「1」だけ消費します。
• 1日に挑戦可能な回数が「3回まで」に制限されています。
  挑戦可能な回数は、毎日「00:00」にリセットされます。
• 全ての異変ステージには「掃討条件」が設定されています。
  この条件を達成すると、戦闘をスキップできる「掃討」機能が利用可能となります。
  • 「掃討」を行った場合、行動力の消費によるレンちゃんのExpは入手できますが、戦闘で得られる魔女のExpは入手できません。
    魔女のLvが上がって来た後は誤差の範囲のようなものですが、ドリンクを節約したい場合は気に留めておくと良いでしょう。

• 04-04：掃討条件を達成するには、「月読」の対処が重要となります。
  スキル攻撃を使われるとほぼ達成不可能となってしまう為、ベアトリーチェの召喚スキルなどを使用して速攻を意識しましょう。
  ラファエルの召喚スキルによる回復も有効ですが、元のライフ値が高い為か、余り回復させられない事には注意してください。
• 04-05：一般04-09にあった戦場効果が削除され、通常のステージとなっています。
  掃討条件を達成するには、「月読」の対処に加えて、「霊体・アイスティーナ」による回復阻害への注意が必要です。

• 06-03：一般06-05にあった戦場効果が削除され、通常のステージとなっています。