聖痕調査（行動補給ステージ）は「特殊作戦」の開催時のみ攻略が可能な特殊なステージです。
聖痕調査（行動補給ステージ）には以下の特徴があります。

• 「行動力」や「探索バイタル」は消費しませんが、専用の「聖痕調査許可証」と言うアイテムを消費する必要があります。
  「聖痕調査許可証」はミッション報酬や作戦ストアで獲得できる他、「資源ショップ」での購入や、「パックショップ」の「特殊作戦補給カード」などで入手が可能です。
  • 特殊作戦中に消費し切れなかった「聖痕調査許可証」は、次回の特殊作戦でも使用する事ができます。
    「秘術品」や「夢巣」とは異なり、所持数はリセットされません。
• 1日に挑戦できる回数が、全体で「5回」までに制限されています。
• 挑戦時に「聖痕調査許可証」の消費枚数の確認が行われます。
  そのまま挑戦を行うと「2枚」消費して、獲得できる報酬が2倍になります。「キャンセル」を行った場合は「1枚」消費となり、獲得できる報酬は増加しません。
• 「作戦失敗」や「やり直し」の際の処理は不明です。勿体無くて試せない……
• 「掃討条件」が設定されており、条件を達成すると「掃討」可能になります。
  「掃討」時も「聖痕調査許可証」の消費枚数を選択できます。

• 難易度4：戦闘エリア1。掃討時66,849コイン。
  エリア1：応援団×2→（殲滅）→(Boss) 霊体・ミコト→（ライフ4割）→(Elite) 霊体・スクルド＋(Elite) 霊体・ホリー→（殲滅）→応援団×2→（殲滅）→(Boss) 霊体・ホリー＋(Elite) 霊体・ミコト＋(Elite) シーワスプ→殲滅でステージ終了。
• 難易度5：戦闘エリア1。掃討時77,261コイン。
  エリア1：(Elite) 血族王女＋(Elite) 黒騎士＋(Elite) 霊体・イルカ→（1体撃破）→(Boss) 霊体・リリュ→（1体撃破）→(Elite) 霊体・ミコト→（1体撃破）→忍者ニャー×2→（殲滅）→(Elite) 黒騎士＋(Boss) 霊体・ミコト→（1体撃破）→忍者ニャー×3→殲滅でステージ終了。
  黒騎士を放置すると、思わぬタイミングで突撃を受けて大ダメージとなり、掃討条件を満たせなくなる事があります。
  幸いエリート補正止まりなので、優先して倒してしまうと良いでしょう。
• 難易度6、7：戦闘エリア2。掃討時88,212コイン。
  エリア1：液体金属人形→（ライフ3割）→液体金属人形→（殲滅）→(Elite) 霊体・スクルド＋(Boss) 月読＋(Elite) 防爆盾警備員→殲滅でエリア1終了。
  エリア2：(Elite) 液体金属人形→（殲滅）→(Elite) 防爆盾警備員＋(Boss) 霊体・ミコト→（どちらかのライフ4割）→(Boss) 執行人→殲滅でステージ終了。
  出現する敵のレベルが異なるだけで、難易度6、7共に同一のステージです。
  掃討時に獲得できるコインも変化しません。